في أعقاب استيلاء إسرائيل على القدس الشرقية في حرب 1967م، قامت بعدة حفريات خارج ساحات المسجد الأقصى أو كما تسميه بجبل الهيكل. وفي عام 1970م، بدأت السلطات الإسرائيلية بحفريات مكثفة خارج الأسوار بجوار المسجد على الجانبين الجنوبي والغربي. ويعتقد الفلسطينيون أن أنفاقا حفرت تحت المسجد الأقصى من أجل تقويض أساساته، وهو الأمر الذي نفته القوات الإسرائيلية، وقد زعموا أن أقرب الحفريات إلى المسجد كانت نحو 70 مترا إلى الجنوب منها.[191] كما قام الإسرائليون بحفر نفق بالقرب من الجزء الغربي من المسجد عام 1984.[52] ووفقاً لمبعوث اليونسكو الخاص بالقدس أوليغ غرابار، ذكر أن المباني والهياكل في الحرم القدسي آخذة في التدهور ويرجع ذلك أساسا إلى النزاعات بين الإسرائيليين والفلسطينيين والحكومة الأردنية حول من هو المسؤول عن هذا الموقع.[192]
في 2007م قام الإسرائيليون بحفريات جديدة للكشف عن آثار مزعومة على بعد 60 مترًا من الحرم القدسي،[193] وقد أثارت هذه الحفريات غضب العالم الإسلامي، واتهموا الإسرائيليين بمحاولة تدمير أسس المسجد. وقد دعا إسماعيل هنية الفلسطينيين للقيام باحتجاجات ضد هذه الحفريات، بينما قالت حركة فتحإنها ستنهي وقف إطلاق النار مع إسرائيل.[194]